問題発生から4ヶ月程経って、
ようやくUPC欄にJAN/EAN/ISBNコードが入力できるようになった
との発表がeBayより出ました。
http://www.ebay.co.jp/news/function/20151009-function/

—– 発表の内容—–
特定カテゴリで出品時にItem Specificsとして入力が必須となる
製品識別番号(Product Identifier)ですが、
UPCフィールドにJAN/EAN/ISBNを入力することができるようになりました。

これにより、出品や再出品の際に、UPCフィールドにJAN/EAN/ISBNコード
を入れた場合にエラーが発生してしまう現象が解決されました。

また、これまでと同様に、該当の識別番号がない場合は
「Does not apply」も記入をすることは可能です。
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以前は、
①eBayの商品ページから直接入力したりBulk edit機能を使えばOK
②File ExchangeやNijyuyonなどのツールを使うとなぜか登録できない(ので”Does not apply”を入れるしかなかった)
というレベルにとどまっていたのです。その②が改善されたらしいと。

それを検証するため、試しにFile Exchangeでテータをアップロードしたところ、
UPC欄に13桁のJANコードが問題なく入ることが確認できました。

長期に渡って悩まされ続けたこの問題、ホリデーシーズンの1月前に解決したので一安心です。

皆さんも早くUPCをアップロードしておきましょう。
eBay.com内での検索順位に影響するかもしれませんから。